Comitetul de Monitorizare (CM) este format din reprezentanți ai autorităților locale, regionale și centrale din statele participante la program. Fiecare țară participantă are drepturi egale de vot, indiferent de numărul reprezentanților desemnați.

Comitetul de Monitorizare urmărește desfășurarea programului, examinează toate problemele care afectează performanța acestuia, având posibilitatea de a emite recomandări către Autoritatea de Management în ceea ce privește implementarea. Lucrările şi deciziile Comitetului de Monitorizare se bazează pe principiile transparenței, tratamentului egal, nediscriminării, obiectivității și concurenței loială.

Comitetul de Monitorizare aprobă criteriile de selecție a proiectelor şi este responsabil de procedurile de evaluare şi selecție aplicabile proiectelor care urmează să fie finanțate prin program.

Componența insituțională a Comitetului de Monitorizare este următoarea:

România

Membri

Ministerul Dezvoltării, Lucrărilor Publice și Administrației
Consiliul Județean Iași
Consiliul Județean Botoșani
Consiliul Județean Vaslui
Consiliul Județean Galați
Agenția pentru Dezvoltare Regională Nord-Est
Agenția pentru Dezvoltare Regională Sud-Est
Ministerul Afacerilor Externe

Observatori

Ministerul Afacerilor Interne
Ministerul Mediului, Apelor și Pădurilor
Ministerul Sănătății
Ministerul Educației
Ministerul Investițiilor și Proiectelor Europene
Asociația Municipiilor din România
Consiliul Național pentru Combaterea Discriminării
Autoritatea de Audit

Republica Moldova

Membri

Ministerul Finanțelor (Autoritate Națională)
Ministerul Afacerilor Externe și Integrării Europene
Cancelaria de Stat
Ministerul Afacerilor Interne
Ministerul Muncii și Protecției Sociale
Ministerul Culturii
Ministerul Mediului
Agenția pentru Dezvoltare Regională Centru

Observatori

Oficiul de Gestionare a Programelor de Asistență Externă
Ministerul Sănătății
Ministerul Infrastructurii și Dezvoltării Regionale
Ministerul Educației și Cercetării
Universitatea Tehnică a Moldovei
Curtea de Conturi a Republicii Moldova
Agenția pentru Dezvoltare Regională Nord
Caritas Cehia – Filiala Chișinău

Regulile de procedură ale Comitetului de Monitorizare

Decizia CM 1 - Aprobarea Regulilor de Procedură

Decizia CM 2 - Aprobarea caracteristicilor apelurilor de proiecte

Decizia CM 3 - Aprobarea Ghidului solicitantului pentru apelul de proiecte standard

Decizia CM 4 - Aprobarea alocării suplimentare de fonduri

Decizia CM 5 - Aprobarea modificării programului

Decizia CM 6 - Aprobarea Strategiei de Asistență Tehnică

Decizia CM 7- Aprobarea Ghidului solicitantului pentru apelul de proiecte cu valoare mică

Autoritatea de Management este responsabilă pentru gestionarea programului, în conformitate cu principiul bunei gestiuni financiare şi se asigură că deciziile Comitetului de Monitorizare respectă cadrul legal și dispozițiile aplicabile.

Ministerul Dezvoltării, Lucrărilor Publice și Administrației a fost nominalizat de cele două țări ca Autoritatea de Management a Programului Interreg NEXT România – Republica Moldova.

Autoritatea de Management lansează apeluri pentru proiecte şi în urma procesului de selecţie semnează contracte de finanțare cu beneficiarii și monitorizează implementarea proiectelor. Autoritatea de Management asigură informarea beneficiarilor, pentru buna implementare a proiectelor.

Secretariatul Comun este stabilit în cadrul programului pentru a asista Autoritatea de Management, Comitetul de Monitorizare și Autoritatea de Audit în îndeplinirea funcțiilor lor.

Secretariatul Comun funcționează în cadrul Biroului Regional pentru Cooperare Transfrontalieră de la Iași. 
Secretariatul Comun efectuează activități de informare și publicitate privind programul, efectuează vizitele de pre-contractare la aplicanții selectaţi și sprijină beneficiarii pe durata de implementare a proiectelor.

Fiecare stat a desemnat câte o Autoritate Națională al cărei rol este de a răspunde pentru crearea și funcționarea sistemelor de gestionare și de control la nivel național.

Astfel, în România a fost desemnat Ministerul Dezvoltării, Lucrărilor Publice și Administrației drept Autoritate Națională, iar în Republica Moldova a fost desemnat Ministerul Finanțelor.

Autoritățile Naţionale sprijină Autoritatea de Management și Secretariatul Comun în monitorizarea proiectelor pe teritoriul propriu facilitează comunicarea cu beneficiarii etc.

Autoritățile Naționale oferă sprijin Autorității de Management pentru stabilirea criteriilor de evaluare şi prevederilor contractuale, asigurând conformitatea cu legislația națională.